Zu den Publikumslieblingen des OZEANEUMs zählen zehn Humboldt-Pinguine auf der Dachterrasse gleich neben dem Meer für Kinder. In ihrem 120 000 Liter fassenden Unterwasserbereich können sie beim Schwimmen und Tauchen ebenso gut beobachtet werden, wie auf ihrem Brutfelsen. 

Humboldt-Pinguine sind eine gefährdete Art. Fünf Männchen und vier Weibchen im OZEANEUM stammen aus Nachzuchten und sind im Mecklenburg-Vorpommern aufgewachsen. Ein weiteres Weibchen ist als erster Nachwuchs im Sommer 2011 im OZEANEUM geschlüpft.

Die gefiederten Schwimmer hatten bereits prominenten Besuch vom dänischen Kronprinzenpaar und der Bundeskanzlerin Dr. Angela Merkel, die seitdem Patin für Humboldt-Pinguindame Alexandra ist.