Das Büro wurde 1989 von Stefan Behnisch als Zweigbüro von Behnisch & Partner, das vor allem mit den Anlagen für die Olympischen Spiele in München 1972 bekannt geworden war, gegründet. Seit 1991 arbeitet es selbständig und unabhängig von Behnisch & Partner unter verschiedenen Namen, oft unter Behnisch, Behnisch & Partner. Nach einer Umstrukturierung 2005 firmiert das Büro als Behnisch Architekten und wird geleitet von Stefan Behnisch, David Cook und Martin Haas.

 
In den Büros in Stuttgart, München, Los Angeles und Boston werden zur Zeit unter Anderem mehrere Labor- und Forschungsgebäude für Harvards Allston Campus in Allston/Boston, die Firmenzentrale von Unilever Deutschland und der Wohnturm Marco Polo Tower in der Hamburger HafenCity, ein Zentrum für kliniknahe Krebsforschung und interdisziplinäre medizinische Versorgung in Heidelberg, eine Konzerthalle im lettischen Ventspils und ein Health Campus in Malmö bearbeitet.

Zu den realisierten Gebäuden gehören das St. Benno-Gymnasium in Dresden (1996), das Institut für Forst- und Naturwissenschaften in Wageningen, Niederlande - ein EU-Pilotprojekt für nachhaltiges Bauen, das Museum der Phantasie für die Sammlung Buchheim in Bernried (2001), die Norddeutsche Landesbank in Hannover (2002), das vom US Green Building Council mit LEED Platinum ausgezeichnete Genzyme Center in Cambridge, MA, USA (2004) und die Therme Bad Aibling in Bad Aibling (2007).